Desde los comienzos de la época de la Conquista, los sacerdotes venían dispuestos a evangelizar a los indígenas y convertirlos al cristianismo, con lo que se cumplía el fin espiritual de la colonización.

En un principio, los sacerdotes que se radicaron en Chile fueron capellanes de ejército, que incluso tuvieron que participar en combates más de alguna vez. Más tarde, se dedicaron a convertir a los aborígenes sometidos tras dichas guerras, y otros fueron misioneros en tierras de Arauco.

La institución religiosa tuvo un papel muy importante en la colonización americana, especialmente en Chile. Los Reyes Católicos y sus sucesores estuvieron obligados a promover la evangelización y constituyeron un Patronato Real sobre la Iglesia, por el que se aseguraba la retribución (remuneración) del clero, la construcción de iglesias, catedrales, conventos y hospitales. El clero también percibía en muchos casos el tributo del indígena y disponía de haciendas trabajadas mediante encomendados, esclavos indígenas o asalariados.

Dominicos, franciscanos y jesuitas

El clero, en esta época, comenzó a aumentar considerablemente. Solo en Santiago, a mediados del siglo XVII, existían 200 religiosos. Para la Corona era mucho más fácil “dar el pase a América” a las órdenes religiosas y no a muchos sacerdotes en forma individual.

Los dominicos y los franciscanos comenzaron una labor misionera cerca de los pueblos indígenas utilizando la persuasión para convencerlos, aunque también existían algunos evangelizadores que solo vinieron a hacer fortuna a América.

Los franciscanos fueron los primeros en llegar a Chile, pero además de estas órdenes aquí se encontraban los agustinos, los mercedarios y los jesuitas. Estos últimos, gracias a la influencia del padre Luis de Valdivia y de la guerra defensiva, consiguieron extenderse en la región araucana.